Ông được nuôi dạy để trở thành người kế vị cha mình và đã tỏ ra rất khác biệt. Tuy nhiên, chúng ta biết rất ít về thời thanh niên của ông từ các nhà văn thời gian đó và ông lần đầu tiên được đề cập sau khi Mithridates đang lẫn trốn khỏi sự truy bắt của tướng La Mã Pompey trong chiến tranh Mithridates lần thứ ba.

Mithridates đã quan tâm đến việc tiến hành chiến tranh với người La Mã một lần nữa, nhưng con trai của ông ít quan tâm đến vấn đề này, và do đó bắt đầu một âm mưu loại bỏ cha ông khỏi quyền lực. Thật không may, kế hoạch của ông bị phát hiện, nhưng quân đội, không muốn giao chiến với Pompey và quân đội La Mã, đã ủng hộ Pharnaces. Họ đã hành quân đến chỗ Mithridates và buộc nhà vua cũ của mình phải tự sát.

Pharnaces nhanh chóng gửi một đại sứ tới chỗ Pompey chấp nhận điều kiện quy phục và con tin, ông chỉ quan tâm tới việc đảm bảo vị trí của mình. Ông cũng đã gửi cơ thể cha mình, để cho Pompey tùy quyền xử lý. Pompey ban cho Pharnaces Vương quốc Bosporan, và coi ông ta như người bạn và đồng minh của Rome.

Triều đại của Pharnaces lúc đầu là một khoảng lặng, nhưng cuối cùng, ông đã tham gia vào cuộc tranh chấp giữa những người La Mã, và với mục đích để khôi phục lại vương quốc của cha mình, ông tấn công và chinh phục các thành phố tự do của Phanagoria, vi phạm một trong các thỏa thuận của mình với Pompey.